Родился в бедной семье в провинции Джаузджан.
Работал на предприятии газодобывающей отрасли. В 1980 был отправлен на учёбу в СССР. Затем начал службу в органах госбезопасности просоветского афганского правительства.
С 1979 — член Народно-Демократической партии Афганистан. Фракция «Парчам/Знамя». В 1979 — состоит в отряде местной самообороны.
В годы Афганской войны 1979—1989 был командиром 53-й дивизии правительственных войск, состоящей преимущественно из узбеков и отчасти таджиков.
После вывода советских войск поддерживал просоветское афганское правительство Наджибуллы.
Возглавлял партию Национальное исламское движение Афганистана (НИДА), выступавшую за федерализацию Афганистана.
После поражения просоветского режима в 1992 возглавил фактически независимый 2,5-миллионный центрально-северный регион Афганистана (провинции Балх, Джаузджан, Фарьяб, Кундуз) со столицей в Мазари-Шарифе, прозванный «Дустумистаном», который имел собственное правительство, деньги и хорошо вооружённую армию (в том числе танки и самолёты советского производства) численностью до 65 тысяч человек.
В ходе продолжающейся гражданской войны вступал в альянсы с различными противоборствующими группировками: с Хекматияром против Масуда, с талибами против Хекматияра, с Масудом против талибов.
В начале 1995 года Дустум посетил Ташкент.
В 1996 «Дустумистан» вошёл в состав второго Северного альянса, противостоящего центральному афганскому правительству талибов.
25 мая 1997 после потери ряда провинций из-за предательства второго человека в «Дустумистане» — Малика — Дустум эмигрирует в Турцию, а «Дустумистан» прекращает существование и оказывается во власти талибов.
После перехода Малика обратно на сторону Северного альянса и освобождения Дустумистана, Дустум возвращается в Афганистан в сентябре 1997 года.
В августе 1998 года талибы во второй раз захватывают «Дустумистан», а сам Дустум эмигрирует в Узбекистан.
После разгрома талибов в 2001 Дустум возвращается в Афганистан и входит в состав нового правительства.
В 2004 году Дустум баллотировался на пост президента страны и занял четвертое место, набрав 10 процентов голосов.
В 2005 году назначен начальником штаба верховного командования вооруженными силами Афганистана.
В 2008 году после нападения на своего бывшего союзника Акбара Бая отстранен от должности начальника Генштаба и отправлен в ссылку.
В 2009 году вернулся в Афганистан и стал активно участвовать в политической жизни страны
С конца 2009 — начальник штаба верховного командования вооруженными силами Афганистана.